Yukimura Chizuru a venit în Kyoto în căutarea tatălui ei, un doctor dat dispărut. Acolo, asistă la o luptă între un Oni şi Shinsengumi. Cei din Shinsengumi o iau în custodie, întrebându-se ce vor face cu ea, după ce au descoperit că e fiica doctorului pe care îl caută şi ei, de asemenea. Shinsengumi o iau apoi pe Chizuru în căutare, dând peste tot felul de aventuri. (Banner: KidoLoli)
Seria e un prezent alternativ, unde lumea e împărţită în 3 superputeri, Britania, Federaţia Chineză, Uniunea Europeană. Povestea are loc după ce Imperiul Sfând Britanian cucereşte Japonia pe 10 August 2010 a.t.b., cu ajutorul celei mai noi arme a sa, "Cavalerul Blindat Autonom" sau Knightmare. Britania deposedează Japonia şi cetăţenii acesteia de drepturile şi libertăţile lor, redenumeşte ţara în Zona 11 şi cetăţenii săi eleveni. Lelouch Lamperouge, un prinţ britanic exilat aflat în poziţia de student, se regăseşte în inima conflictului pentru naţiunea insulă. Datorită unei întâlniri întâmplătoare cu C.C. acesta obţine Geass-ul, puterea regilor. (Banner: Misukaze)
Acum mult timp, Yoma, monştri ce-şi schimbă forma, s-au transformat în oameni pentru a trăi deghizaţi în oraşe umane, hrănindu-se cu ei în secret. O organizaţie secretă fără nume a descoperit o cale de a implanta carne de Yoma în oameni pentru a crea hibrizi destul de puternici pentru a-i învinge. Abilităţile de bază ale unui hibrid includ vindecare mai rapidă, modificare limitată a formei corpului, abilitatea de a detecta Yoma şi alţi hibrizi şi o creştere în întregime a puterilor fizice ce le permit să mânuiască săbii grele, pentru care sunt numite Claymore. Din motive necunoscute, doar femeile sunt alese să devină Claymore. De deseori sunt alese pentru implantare după ce devin singurele supravieţuitoare ale unor familii atacate de Yoma; asta le asigură loialitatea şi dorinţa de a îndura durerosul proces de transformare. (Banner: Misukaze)